管理組合総会で特別決議に必要な数に達しない！

結論から申しますと、無効になると思います。
理由は、区分所有法３９条に総会の議決権は、書面で、又は代理人によって行使することができる。となってます。
さらに標準管理規約４４条でも組合員は、書面又は代理人によって議決権を行使することができるとされています。

もし強行に決議されますと後で無効を主張される可能性が強いです。このような前例は作らないほうが良いでしょう。
規約変更の内容がどのようなものかわかりませんが、出席者を規定人数確保するには、総会案内状の発送から総会までの期間を３週間から１ヶ月ぐらいにして委任状を出さない人に管理会社を通じて電話を掛けてもらうことです。

さらに書面で総会の議案に賛成か反対かを選択してもらい返送してもらうようにしてはいかがでしょうか。